刘华杰与方舟子的“神交”，大概始于1998-99年间，当时他曾以访问学者的身份到美国伊利诺依大学访问。大致说来，刘华杰后来对方舟子的贡献有三个：第一，就是在中国主流媒体上把方舟子推了出来，把他塑造成一位类似“奇才”的人物。第二，刘华杰把方舟子引入了科学文化人的圈子，引入了北京大学(虽然极为短暂)，并且很可能是方舟子与于光远、何祚庥等人之间的牵线人。第三，刘华杰为方舟子的《方舟在线》的出版花费了相当的气力。而在《方舟在线》出版之后，刘华杰又竭力使这本书获得了“牛顿杯”科普图书奖暨2000年度“十大科普好书”奖。也就是说，刘华杰对方舟子的利用价值只有一年的时间：始于2000年初，终于2000年底。他的那篇著名的采访录，《生物化学家•诗人•网民——网上 XX 访科学/人文两栖学人方舟子》，作于2000年初。这篇文章的价值被方舟子视为仅次于江晓原为《溃疡》所作的序，被收入《方舟在线》。后来方舟子与刘华杰翻脸，刘华杰要求方舟子把自己的文章从新语丝网站中全部删除，但方舟子却老着脸皮就是不肯删去这篇文章。
