牛顿的主要著作，《自然哲学的数学原理》（ philosophiae naturalis principia mathematica），包含了他的引力理论和运动定律。 他的后期作品，《光学》（Opticks）, 主要是关于物理光学的，但也包括了一些关于力学，宗教和道德的思考。 他跟莱布尼兹有过一系列的异议，开始是关于他们两人谁先发明了微积分，后来是关于时间和空间的研究分歧。
牛顿的物理学背后体现了一个深刻的含义： 宇宙是按照力学定律运行的（而不是按照超自然的意志）。 这个思想对约翰•洛克产生了深远的影响。 洛克的哲学可以看作是牛顿物理定律的哲学延伸。 洛克下定决心，要在与牛顿力学相容的条件下来解释人的认知（make sense of human understanding）。 结果是他提出了知觉因果论（causal theory of perception），以及划分物体的主性质和次性质(primary and secondary qualities of objects)。
